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糞便管理,主要是在奶牛的厭氧瀉湖,估計是加州農業溫室氣體的最大來源。然而,加州的奶牛場沒有公布任何實地測量數據。一項更廣泛的文獻綜述顯示,厭氧瀉湖排放的全球變暖潛勢是固體糞堆排放的10倍以上。蓋上厭氧瀉湖,將排放的甲烷燃燒或完全轉化為厭氧消化池,可使甲烷總排放量減少92% (~7.7 Tg CO .)2e)農場的糞便最終作為肥料應用到農田中,一氧化二氮是排放的主要溫室氣體(GHG)。關於肥料改良農田的溫室氣體排放數據有限,在加州隻進行了兩項研究。這項研究表明,用有機肥而不是合成肥料施肥農田,可以降低溫室氣體排放,增加土壤碳儲量。盡管奶牛糞便在州、地區和全球溫室氣體預算中具有重要意義,但該綜述顯示,令人驚訝的是,缺乏實地規模的研究,這是為加州最佳做法的發展提供信息的必要條件。加州研究的關鍵領域包括測量奶牛糞便管理係統的溫室氣體排放,以及比較不同管理措施下農業領域的溫室氣體排放。